С давних времен Инкерман был местом добычи белого известняка, который использовали в строительстве и в результате этого скалы испещрены огромным количеством разнообразных катакомб и пещер. В средние века в скалах был создан Инкерманский пещерный монастырь. Он хорошо просматривается со стороны железной дороги и автомобильного шоссе, которые соединяют город Севастополь и столицу Крыма – Симферополь.
Свято-Климентовский монастырь был создан в VIII-IX вв., а спустя несколько веков его достраивали. Церковное предание гласит, что его основание связано с римским епископом Климентом. Крещение святой Климент принял от апостола Петра в Кесари и в дальнейшем разделил с ним все тяжести совместного путешествия. Человек этот был праведный и истинно верил в то, что проповедовал, что и стало причиной возведение его в сан епископа города Рим. Климент становился очень популярен, и это способствовало тому, что многие римляне меняли веру на христианство. Не всех устраивало такое положение дел и, в конце концов, его сослали в каменоломни, в окрестности Херсонеса. Однако вера его была непоколебима, он и тут крестил всех желающих людей. Благодаря святому Клименту в этих местах впоследствии воздвигли 75 храмов.
В VIII-IX вв. под защитой укрепления морского порта «Авлита» возник пещерный монастырь. Первые монахи использовали пещеры не только как жилье, но и как подсобные помещения. В храме, который так же располагался в пещере, алтарь, престол и скамьи были вырублены из камня. Соединялись все помещения специальными лестницами, выбитыми в скале. Монастырь, за счет соседства крупного торгового порта жил безбедной жизнью. Однако после того как Крым был завоеван турками храм пришел в упадок. По одной из версий, большинство монах покинули его и основали на мысе Фиолент Георгиевский монастырь.
После того, как Крым вошел в состав России Инкерманский пещерный монастырь вновь стал возрождаться. Архиепископ Иннокентий приложил не мало стараний ради того, чтобы в 1850 году открылась Инкерманская киновия, а позже реконструировали три пещерных храма. В 1852 году церковь получила свое нынешнее название.
Еще много изменений прошел этот монастырь. Однако свой окончательный облик он получил в 1910 г. Были созданы 2 здания для братии, один из которых занимала домовая церковь Благовещения Пресвятой Богородицы, открылась церковно-приходская школа, которая обучала около 40 мальчиков.
В наше время еще идет реконструкция храма святой Троицы. А в храм святого Климента, с благословения Блаженнейшего Владимира, доставили частицу мощей его главы.
